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明朝除了在运河沿岸设立钞关之外，没有其他大规模收取商税的手段了，更别提向海商收税了，因为本朝禁海。所以，琼州营绕过朝廷的管制，在两个最大的海岛设立税关，在制度上是一种突破，为前所未有之创举。
虽然从征收的对象来看，琼州营收税和郑芝龙收保护费有类似之处，但是境界相差甚远。卖令旗、收保护费还停留在黑道做派的水准，而按商品价值、利润的高低分类收税，已经是近代国家的通行做法，实际上琼州营是利用朝廷在海上的权力真空，在行使国家权力。而且海上商税的制度成熟后，将来随着琼州营进军内陆，就可以向所有的行业推广。在夏天南看来，明朝商税和农业税的比例严重失调，国家财政收入不应该寄托在无立锥之地的农民身上，从现在开始，他就要凭借手中的武力慢慢养成国人纳税的习惯。
让自由自在惯了的海商集中在指定的港口纳税，看似是一个艰难无比的任务，但是实际上却没有想象的那么难。郑芝龙在覆灭之前，已经给琼州营打好了底子：三千两银子一面旗子，只要你在海上跑买卖，不插旗子就要你命。慑于郑芝龙的淫威，海商们都乖乖接受了这种规矩。现在海上的霸主换人，虽然规矩比郑家嗦了一些，但海商没有选择的余地，反正还是花钱买平安嘛，不过按货物分类纳税，银子花的多了些而已。不过在财大气粗的海商眼里，三千两和五千两、六千两也没有质的区别。
两广这一带是琼州营的大本营，琼州营凶名在外，无人敢捋虎须，加上巡抚暗中支持，无需大费周章，两广的商船乖乖地载着货物来博辅验货纳税。平日稍显冷清的博辅港一下子变得热闹非凡，南洋来的、往南洋去的、准备前往日本的，各路海商齐聚一堂，大大小小的商船一直排到了外海，都在等着新成立的“博辅税关”清点货物、收取税费后给他们一面旗子和一本小册子上面记载了该次航行所载货物的品种和纳税额，以及税关的名字、完税的日期，还有办税人的签名和印章。等到该船从南洋或者日本返回，新的货物又要重新清点估值，相应的内容就接着前次的继续填写，小册子可以反复使用。
林伟业领导下的技术研究院这次露了脸，他从广州挖来的印刷达人沈笑阳给纳税册子设计了防伪的技术，用红、蓝、黑等色在册子内页套印花纹图案，加上雕刻异常精密的印章，让一般人根本模仿不了，以防止有人假造册子逃税。
除了用多色套印的技术防伪，夏天南还准备从制度上堵住可能出现的漏洞，让台南和博辅两地税关的税务经办人员定期轮换。这样一来，即使有人侥幸仿制出了纳税册子，纳税地和收税人的签章对不上，也是白瞎。
税关开张的前几天，张明礼亲自带人登船清点登记货物，尤其对装载瓷器、茶叶往南洋的商船查验格外仔细，博辅税关收入的大头都要落在这些货物身上。
各条船上验货员的声音此起彼伏：“景德镇青花瓷花瓶三百件！”
“福建武夷茶两百担！”
“广州本地干毛茶一百担！”
……
验货员清点查验货物报数后，统计员则记下货物种类和数量斤两，交给岸上的税务员，他们按照事先准备好的货物分类纳税表噼里啪啦用算盘计算出税额，然后船主交税领取证明完税的册子，首次来的还要领面“琼”字旗子插在船上，纳税的流程就算走完了。船主们把这个流程称之为“过关”。
博辅税关开张后，第一个月就收入二十万两白银，几乎是棉布生意一年的销售额。从第二个月起，“过关”的商船密度下降，收入减少，但是还保持了平均十二万两白银的月平均收入。考虑到部分海商还在观望阶段，加上巴达维亚等地的欧洲商船还没等到返回欧洲最佳的风向，这个数字还有上扬的空间。
台南税关也同步投入运作，不过纳税的情况没有博辅这边乐观。第一个月只有十万两的税收，第二个月更是降到了八万。据郑鸿逵估算，至少有四到五成的海商抱着侥幸心理没有来台南，而是径直前往日本，尤其以江浙一带的海商居多。恰恰是这些海商掌握了江南大部分生丝和丝绸的出口，是台南税关最主要的收入来源。以日本和南洋的贸易利润对比，台南税关的收入应该是博辅税关的两倍才算正常。
林传宗作为台南分舰队指挥官，已经开始了福建海峡和东海一带的巡航，但是受限于巡逻舰的数量，加上台南新建的船厂还没有投入使用，兵力上捉襟见肘，巡航效果还不甚明显。
这个时候，在长崎的刘全回来了，他带来了几个消息，有好的，也有坏的。
南园。
刘全向夏天南禀报：“首先要禀报将军，长崎商馆成立了，肥前藩给了我们最繁华的地段，离港口也近。将军战胜郑芝龙的消息传来后，肥前藩的人更是鞍前马后服务极其周到。商馆的馆舍已经建好，人手也招募了，不过管事的人选还没定，属下这次回来，想选派一个机灵点的人过去。”
夏天南满意地点头：“你辛苦了，管事的人选就由你决定。商馆运作后，我们就把江南出口日本的生丝作为长期的买卖经营，就算不能垄断苏州、杭州两地的生丝市场，也要尽量压制当地海商的利润空间，免得让这些人赚了银子还逃我们的税，收不到他们的税咱们就自己赚回来！”
刘全在日本几个月，对税关的事不太了解，闻言惊讶道：“逃税又是怎么回事？”
夏天南就简单解释了台南税关税收流失严重的情况。
刘全听完拍了拍脑袋：“这个好办啊！江南的生丝大半都是卖到日本，只有丝绸成品才运往南洋。日本的幕府又颁布了锁国令，明朝的商船只能在长崎交易，咱们只要堵在长崎港口对本朝的商船挨个盘查，谁交税谁逃税不就一清二楚？”